Ese es un fallo endémico en los E36.
A mi también me pasa desde hace unos años. Es por el desgaste del eje del motor.
Por lo que he podido ver en otros foros, la única solución es cambiar el motor del ventilador por uno nuevo. O eso, o convivir con ese ruido.
También he visto la opción C, que consistiría en sacar el motor, desmontarlo, engrasar el eje con grasa consistente a dolor, y rezar para que sea una solución duradera.
Yo todos los veranos me planteo sacar el motor, limpiar el eje a muerte, y engrasarlo a muerte, pero es tal el tinglado que hay que montar, y sobre todo, tanta la pereza que, de momento, no lo he hecho.
Veremos este verano.