Buenos dias, en tu caso como el donante es un e39 y lo vas a montar en un e36, no hace falta que cambies carter y chupona, ya que son iguales en ambos modelos con alguna variacion como un sensor de nivel (los que yo he visto). El tema del cableado del e39, lo puedes directamente desechar, adaptarlo va a ser muy dificil, y si lo consigues adaptar quedara todo el vano motor muy sucio (mal organizado), sobre que cableados necesitas? pues de un M52b20 ,M52b25 (323), y de M52b28, estas tres motorizaciones comparten cableado y incluso te sirven sus centralitas de motor con el 2.8cc, resto de cableados de M50, solo te serviria el del 325 y tendrias que pasarlo a obd1 con todo lo que conlleva, mayor consumo, motor perezoso a bajas vueltas, etc, y con un cableado de 320 M50, nisiquiera coinciden el orden de encendido, arrancar arranca, pero a tres cilindros y le cuesta mucho. Para poder poner el motor de e39 debes de cambiarle los soportes del motor, o sea las dos patas que apoyan en la cuna, y montar unas de e36 en su lugar, tambien tendras que recortar los manguitos gordos del anticongelante ya que en el e39 las toberas que salen del frontal del motor son mas largas. Y para finalizar es importante que mires que tipo de damper llevas, si llevas un damper dentado perfecto, sigues el montaje tal cual, en cambio si llevas una sin dientes (lisa) entonces llevas el sensor de posicion de cigueñal detras del motor, muy usual en los e39, y te tocara buscar una rueda dentada de un M52 de 6 cilindros, aunque segun bmw todos los seis cilindros comparten dicho dumper menos los no vanos y muy importante, el damper tiene posicion de montaje, en el cigueñal lleva un pequeño pasador que debe de coincidir con un agujerito que lleva el dumper, si tu cigueñal no lleva dicho pasador ni el agujerito, tendras que ir haciendo pruebas hasta que des con la posicion correcta. Si tu caso es el que lleva el sensor atras, debes de quitar esa rueda lisa y montar la dentada, el motor trae el soporte para el captador asi que solo sera ponerlo en su lugar y ponerle un tornillo con el paso de rosca, atras dejas el antiguo sensor para que tapone y no tengas fugas de aceite.
Espero que te quede algo mas claro, el 328 es un gran motor, saludos.