Bueno ya conseguí programar el mando.
Los pasos son exactamente iguales a los que se ven en tutoriales/videos de e36 y e39 hasta el punto 4. Pero una vez que sueltas el botón el led del mando empieza a parpadear y lo que hay que hacer es aproximar el mando al espejo retrovisor y pulsar cualquiera de los dos botones; ahí el cierre centralizado confirma la programación abriendo y cerrando las puertas.
Dejo una imagen aunque está en inglés pero se entiende perfectamente:
Saludos!