Pues ahora que releo... si la vibracion es a 100km/h a 2000 rpm pero a la misma velocidad en una marcha inferior con mas rpm no la hace, descartados de golpe todos los elementos pasivos de la transmision. Puedes hacer una prueba mas, que es ponerle a 100 en llano y de D pasarlo a N (osea dejarlo en punto muerto). Si la vibracion desaparece tambien es imposible que sea nada de arboles de transmision, flectores, desequilibrioos de ruedas ni nada de eso... yo en ese caso comprobaria como va de inyeccion el motor haciendole una prueba de suavidad de marcha en un conce. Puedes tener un inyector que este pulverizando mal a medio regimen. Si eres fino de oido, puedes notar que acelerando en vacio, cerca de las 2000 rpm hay un punto que el motor cambia de sonido... si es así posiblemente tengas algun inyector tocado. Los puedes cambiar o reconstruir, lo segundo sale bastante mas barato, y te lo hacen en un Bosch Service (sale a unos 160 euros por inyector mas mano de obra)
Pero antes de meterte en esos berenjenales asegurate probando lo que te digo, ponerlo en N para discernir si es tema de antes de la caja de cambios de despues. Lo que me hace pensar que puede ser tema de inyeccion es lo que dices de que bajando una marcha a la misma velocidad no lo hace... No pasa nada, luego lo pones de nuevo en D le dejas hasta que notes que engrana marcha y ya puedes seguir conduciendo (no aceleres antes de meter la D y notar que engrana, pegara un golpetazo al engranar)