Ambas carrocerías son equivalentes en su segmento, el mercedes supongo que será un w140.
Bien, partiendo de la base de que esa caja me parece deproporcionadamente grande, pesada y torpe (me encanta a pesar de todo eso

), no creo que notes una diferencia considerable en rendimiento ni prestaciones. Lo primero por peso, lo segundo porque es algo más "lento" el motor de este último.
Te gastará más (bastante más) que el e38, puesto que el motor es bastante más grande y más perezoso, amén de la diferencia de peso, que sin conocer cifras exactas de ambos, seguro que pesa más le mercedes, y no poco.
He probado ese mismo motor en w124 bastantes veces y la verdad, es que es excelente, como casi todos los diesel de esa época y de esa marca, pero el bmw tiene más brío, recuperación y aceleración (proporcionalmente en relación a su potencia, ojo, además que en el w140 no lo he probado).
Por si te sirve para aclararte; entre el w124 con ese motor, y el mío (e34) la diferencia es mínima, y me quedo a ojos cerrados con el bmw; tiene mejor tacto al acelerador, el motor es más ligero y responde mejor, etc... Obviamente anda más el mercedes, pero son sensaciones diferentes, es un motoraco donde los haya, un bicho, el mio (igual pero sin turbo) sube cuestas muy pronunciadas de embrague sin acelerar, es un animal...
Entre esas dos cajas, me quedo sin duda con el e38. Ambos son enormes, pero el mercedes es exageradamente enorme para mi gusto, y seguro que para el de muchos de aquí.
A nivel de equipamiento, ahí no entro porque eso es ya más personal, el mercedes no vendrá descalzo, seguramente sea automático también (compara la velocidad de las cajas al cambiar...). No me convencen los interiores de mercedes, y eso que tengo uno.
No quiero desmerecer el mercedes, ojo, y seguramente a igualdad de trato, la fiabilidad de este sea muchísimo mayor en contra de la del bmw.
Creo que estando ambos en buen estado y con un equipamiento aceptable, la duda radicaría en el uso que le vayas a dar. Ya nos contarás.