Puede ser problema del archivo de configuración de Mozilla que esté corrupto, puede ser de que algo no va bien en el PC (otros componentes de software o bien, hardware) o se me ocurre que puede ser algún addon para ese navegador que no esté bien programado o por último virus y demás...
Los marcadores se guardan en un bookmarks.html dentro de "C:\Documents and settings\tú nombre usuario\Datos de programa\Mozilla\Firefox\Profiles\Números aleatorios"
Ahí tienes los marcadores y además están los archivos de configuración.
Se podía invocar también el administrador de perfiles ejecutando (y sin tener abierta ningnua ventana del firefox antes):
firefox -profilemanager
en inicio/ejecutar y crear un nuevo perfíl de usuario, probarlo un rato con el perfil nuevo a ver si no falla.
Si no falla, migras el bookmarks.html a la carpeta nueva del nuevo perfil y listo, asunto resuelto. (Luego borras el perfíl antiguo de datos de programa y listo).
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