Ista e Inpa (parte de "BMW standard tools", que incluye otras cosas) son programas oficiales de diagnóstico de BMW, puedes suscribirte a su servicio por precios inviables para la mayor parte de los usuarios individuales o "encontrarlos", ISTA incluye el TIS, que es el manual de taller oficial.
Para diagnóstico, codificación y programación, necesitas una interface de conexión entre tu ordenador y el coche, un cable K/D-CAN es adecuado para un E46.
En otro post mio hay detalles con fotos de uno que funciona.
FTDI es el fabricante de chips de comunicaciones y necesitas añadir su driver a tu PC para que hable con el cable, es gratis.
En vez del cable se puede usar una interfaz bluetooth para conectar el coche al PC pero no hay oferta comercial de nada decente, modificar uno comercial es demasiado complicado para el público en general, por eso no lo había mencionado.