Buenas Javi,
Al tratarse de un motor diésel, lo único que puede hacer que se pare, es que no le entre combustible. Porque chispa, los diésel no usan, y aire, siempre tienen.
Hay que entender qué mecanismo corta la alimentación de gasoil a los inyectores. Porque los inyectores tampoco pueden ser, ya que tendrían que fallar los seis a la vez.
Por tanto, sólo puede ser, o bomba, o regulador de presión, o algún sensor que envíe señales incorrectas a la ECU y provoque la parada. Pero esto seguramente registraría algún error.
La última opción, es que la ECU tenga un problema interno y deje de funcionar por temperatura, alguna soldadura deje de hacer contacto al calentarse o similar.
Por lo que comentas de que el tiempo en que vuelve a funcionar es variable, a mí me da pinta de algún problema eléctrico o electrónico.
Una cosa fácil que puedes hacer es revisar todos los conectores del cableado de esa parte de la inyección, y limpiar con limpiacontactos.
También revisa todos los puntos de masa de la zona motor, incluidos los que están cerca de la ECU, revisa que estén bien apretados y no haya corrosión.
Si tuvieras (o te pudieran dejar) alguna máquna o software que registre datos (logs), podríamos mirar a ver qué sale en el circuito de alimentación de combustible.