No mezcleis churros con merinas... Un coche turbo tiene una entrega de potencia muy muy distinta a la de un atmosferico. No es mejor ni peor, es distinta. Los atmosfericos son motores progresivos que suelen entregar la potencia a altas rpm, el 325i es de los motores mas puntiagudos que existen, por que te pide siempre que le lleves por encima de 5mil rpm. Los turbodiesel o cualquier turbo, son motores con una franja de rpm a la que dan mucha fuerza, pero fuera de esa franja son motores con un rendimiento bajo, de hecho solo teneis que comparar la curva de potencia de cualquier atmosferico con el de un turbo para ver las diferencias. Los turbos suelen tener mas par motor, pero ese factor solo influye en recuperaciones.
No deberias plantearte cual es mejor, por que mejor es el 328i (por poco) pero logicamente se puede suponer que es mejor por que es la evolucion del 325i pero tambien es mas caro.
La relacion calidad/precio la gana por la palma cualquier 325i. Son motores fiables, grandes y con muchos cvs.
Pero el 328i es un motor mas moderno, mas progresivo y menos puntiagudo.
Yo no generalizaria, sino buscaria varias unidades de ambos y cogeria el que mas me gustase sopesando todo, precio, estado, equipamiento, año, kms y uso que le vayas a dar.